В матричных структурах управления, основанных на принципах программно-целевого управления, предусмотрены связи, обеспечивающие увязку функциональных и линейных подразделений в рамках выполняемой задачи. Эту увязку осуществляет специально создаваемый орган или должностное лицо. Так, в проектных организациях главные архитекторы проекта (ГАП) и главные инженеры проекта (ГИП) руководят и отвечают за реализацию проекта, координируя работу различных отделов института по порученному им объекту. Такое управление не изменяет сложившейся системы, но в структуре управления появляется дополнительное звено управления, координирующее по горизонтали вертикальные связи между звеньями.
Примером такой структуры в строительстве являются создаваемые на больших и сложных комплексах штабы строительства. Назначенный во главе штаба руководитель обладает полномочиями решать все вопросы, относящиеся к строительству комплекса, независимо от своего основного должностного положения.